馬英九總統發表元旦祝詞，以「改革、奮鬥、台灣再起」為題，強調任何攸關人民福祉的兩岸協議，政府會虛心聽取意見，加強溝通；政府會採取平衡原則，不會一廂情願，把台灣的對外關係全寄託於兩岸關係；馬總統並強調「營造和平環境，深化兩岸交往」。
稍早總統也繫上國旗圍巾，參加總統府元旦升旗。馬總統與揮舞國旗的群眾大聲唱國歌、國旗歌，迎接中華民國99年的第一天。今年的元旦升旗典禮由「台北極鼓擊」的鼓聲拉開序幕，青年志工團體擔綱國歌領唱；其他表演包括國防部示範樂隊、三軍儀隊、陸軍專科學校鼓號樂旗隊及陸軍官校戰鼓隊等。